Храм побудували 1808 року над річкою Стрижень. Йому понад 200 років!

Всередині варто подивитися іконостас, зроблений із липи та пофарбований у золотистий колір.

Колись на місці, де зараз розташований храм, була садиба чернігівського полковника Павла Полуботка.

Це єдиний храм в Україні, названий на честь чернігівських святих мучеників князя Михаїла Всеволодовича та його боярина Федора. За легендою, вони не вклонилися язичницьким ідолам під час нашестя Батия. За це їх катували й стратили. З історичних джерел нам відомий мученицький подвиг чернігівського князя Михайла Всеволодовича та його боярина Федора, які свого часу відмовилися виконати умови хана Батия щодо принизливого ритуалу поклоніння вогню та монгольським ідолам. За відмову обоє були жорстоко закатовані й страчені в 1246 р. Останки князя Михайла та боярина Федора були поховані в чернігівському Спасо-Преображенському соборі. Невдовзі мученики були канонізовані, а у 1572 р. мощі святих угодників було  перенесено в Москву, де вони знаходяться  й нині. 
Будівництво єдиного в Україні храму на честь святих мучеників Михаїла й Федора було розпочато у 1801 р. У зв’язку із фінансовою скрутою, спорудження церкви тривало п’ять років, а освячення храму відбулося лише у 1808 р. Відтоді споруда кілька разів перебудовувалася і відповідно змінювала свій вигляд: від класичного з елементами бароко до візантійського. До 1918 р. біля церкви була розміщена духовна семінарія – один з найстаріших навчальних закладів тогочасного Чернігова. Зараз тут розташовуються корпуси військового шпиталю. 

У радянський час храм не діяв. Лише на початку 90-их рр. ХХ ст. будівля була повернута вірянам Української Православної Церкви Київського патріархату.

У 2008 р. ніжинський майстер О. Кошель створив для храму новий іконостас у золотаво-білих кольорах. Ніжинські фахівці різьблення по дереву більше чотирьох років втілювали його задум. Іконостас був зроблений з липи і пофарбований в золотистий і білий колір. Замість традиційних зображень хлібних колосків і винограду цей іконостас відтворює молоду гілку дуба і кетяги калини. Також його прикрашають об'ємні, майже скульптурні зображення Пресвятої Богородиці, ангелів та Спасителя на Хресті.

Нині церква Св. Михайла і Федора - діючий однокупольний кам'яний храм, пофарбований у жовто-білі кольори.
Окрім Чернігова, у світі існує лише два храми, які названі на честь чернігівських святих. Один з них розташований у Росії, а інший – у Канаді.