Еврейська община в Чернігові існувала ще з ХІІ ст. У ХІХ ст. у місті існувало одночасно чотири синагоги та молитовні доми. У другій половині ХІХ ст. постала потреба в одній великій хоральній синагозі, яку і збудували у 1876 р.
На початку 1930-х р. радянська влада закрила синагогу, а у 1938 р. її споруду було передано новоствореному Палацу піонерів, який проіснував у ній до 1988 р. Відомо, що внутрішню структуру синагоги перебудували під потреби палацу. У 1988 р., споруду синагоги передали Молодіжному театру, який розташовується в ній і понині.