Відомості про першу церкву Святої Покрови в Чернігові сягають кінця XVII ст., перше її зображення датується 1706 р. на «Абрисі Чернігівському». Цей храм був розташований майже по центру району Третяк. Відомо, що Третяк виник за давньоруських часів, у XVІІ–XVІІІ ст. і не мав укріплень. Тут знаходилися виробничі комплекси Чернігова. На території Третяку археологи зафіксували залишки гончарного виробництва згаданого періоду. Ймовірно, що саме на гроші місцевих гончарів у другій половині XVII ст. було зведено Покровську церкву. Це була невелика тридільна та триверха споруда, увінчана банями з маківками та хрестами. Навколо церкви ховали чернігівських гончарів, підтвердження цьому – залишки цвинтару XVІІ–XVІІІ ст. До середини XVІІІ ст. споруда Покровської церкви почала руйнуватися, у 1764 р. на її місці зведено нову однойменну церкву. Вона також була дерев’яною, проіснувала до початку ХІХ ст. У 1837 р. нова Покровська церква була добудована до західного фасаду Катерининської церкви. На початку ХХ ст. Покровську церкву разом із її дзвіницею відремонтували, надавши рис бароко. Згодом, у Покровській церкві облаштували архівосховище. У вересні 1941 р. керівники радянської влади, у період відступу військ, спалили обидві церви. За свідченнями очевидців, полум’я було таким, що вночі біля церкви було видно як удень. Споруда Покровської церкви дуже постраждала, після війни її вирішили не відновлювати.
