Садиба родини Полуботків з’явилася у Чернігові у 1623 р. У другій половині ХVII cт. за часів полковника Павла Полуботка всі основні її будівлі вимурували з цегли. Садибу оточував мурований паркан. Загальна площа садиби становила 1,6 га. Після смерті П. Полуботка маєток перейшов до його нащадків. Відомо, що садибою володів й чернігівський судовий писар С. Стаїнський, а у 1776 р. її викупив чернігівський єпископ Феофіл (Ігнатович), для облаштування духовної семінарії.
При семінарії з 1784 р існувала мурована домашня церква Різдва Христового, а у 1801–1806 рр. з південного фасаду семінарії прибудували церкву, названу на честь Михайла та Федора. Першопочатково храм був зведений у класичному стилі, без купола, з бібліотекою на другому поверсі.
Грандіозна перебудова церкви розпочалася у 1903 р., у результаті якої, церковний фасад переробили в псевдовізантійському стилі. Наприкінці 1919 р. церкву було закрито, а згодом у її приміщенні облаштували спортивний зал. Після Другої Світової війни і до 1992 р. приміщення церкви використовувалося як склад, лише 1992 р. у ній відновлено служби.